Lo dejo por aquí por si a alguien más le ocurre.
Como sabéis desde que compré el coche (ya va para 4 años) tenía fallos en la capota, nada grave siempre al capotarlo pero de una manera más o menos sencilla conseguía completar el ciclo.
Cambié los amortiguadores de la capota, y aunque había que cambiarlos, seguía igual. Luego compré un kit de engranajes para el motor de los flaps y... todo igual. Luego compré los motores nuevos y, lo mismo, todo igual.
Así que mi última baza era cambiar el líquido hidráulico. Estaba ligeramente bajo y negruzco pero estaba claro que de ahí no iba a ser, así que solo rellené un poco por probar. El caso es que trasteando con el motor hidráulico, noté que el cable de emergencia que va hasta la guanterilla del copiloto estaba trabado. En cuanto lo liberé (no es más que 1 o 2mm), se escuchó un ruido de fluido corriendo y... después de 3 semanas probando mi capota funciona perfecta.
Vamos que parece que mi problema venía de que no corría el suficiente líquido por la bomba al estar el cable que desconecta el hidráulico parcialmente conectado.