El GT y las malditas ventanillas.....
Partimos de la base de que lo estás haciendo bien, es decir: baja del todo, y dejas el botón pulsado unos 10 segundos. Luego subes y dejas el botón pulsado otros 10 segundos.
Si es así y no se programan lo más sencillo es desconectar la batería unos minutos y luego probar.
Si eso no funciona puede ser la centralita, los botones o los fusibles (malos contactos).
Yo tengo el coche desde hace poco más de un año y funcionan bien, pero se nota que al anterior dueño le dieron problemas (hay marcas de destornillador en la zona de los mandos). Lo que sí hago es dejar siempre que puedo el cristal bajado un dedo, y así le ahorro al sistema el bajar y subir el cristal cada vez que se abre y cierra la puerta. No sé si es efectivo, pero hasta ahora todo va bien.